1、 两性生殖
黑水虻以两性生殖繁衍后代，即通过雌雄交配、受精、产出受精卵，再发育成新个体。黑水虻成虫羽化2小时后开始形成卵细脆，并行交尾行为，交配通常发生在阳光强烈的正午时分，交配时，雌雄生殖器相互对接，呈一直线状，交配后雌雄黑水虻自动分开，4小时雌虫寻找腐臭有机质附近的干燥缝隙产卵，单雌产卵量320-620粒。产卵后数小时之内便死亡。若雌虫不能及时交配，卵细脆会重新吸收，用于维持生命活动，将影响产卵量，雄性交配后死亡。
2、 卵生
黑水虻的卵不在母体内孵化，而直接将受精卵产出体外，在适宜温湿度环境中自然孵化呈一个新个体。
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